Desde a fundação, em 1992, o Centro de Equoterapia teve como parceiro o Exército Brasileiro, através da 2ª Brigada de Cavalaria Mecanizada que disponibiliza a área física, instalações e ainda os militares da Seção de Equitação do Círculo Militar de Uruguaiana para comporem a Equipe de Apoio, como monitores e auxiliares, fundamental para o atendimento assistencial.
Mais tarde em 1999 foi firmada parceria com a Prefeitura Municipal de Uruguaiana que cede alguns profissionais da área de saúde para compor a Equipe Interdisciplinar e ainda dois ônibus para o transporte dos Praticantes.
Desde o início o Centro atuou com profissionais voluntários. A partir da chegada à Uruguaiana da ONG "Parceiros Voluntários", os profissionais que atuam em caráter voluntário são encaminhados por esta instituição.
No ano de 2006 em conjunto com a "Parceiros Voluntários" e a PUCRS o Centro encaminhou projeto ao Programa "Criança Esperança" da TV Globo em parceria com a UNESCO, tendo sido contemplado com recursos para auxiliar a realização de seus programas no ano de 2007.
A partir de 2008 a G8 Sistemas de Informação passou a integrar o grupo de instituições parceiras do Centro.